Mit 15 Jahren wurde Manfred Eigen mit seiner Schulklasse als Luftwaffenhelfer eingezogen, mit 18 Jahren geriet er in Kriegsgefangenschaft. Nach dem Krieg wanderte Eigen zu Fuß von Salzburg nach Göttingen, wo er Physik und Chemie studierte.
Nach seiner Promotion arbeitete Eigen als Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für physikalische Chemie der Göttinger Universität, bevor er 1953 an das Max-Planck-Institut für Biophysikalische Chemie (ehemals MPI für Physikalische Chemie) wechselte. Hier entstanden seine Arbeiten über Relaxationsmethoden, durch die er weltberühmt wurde. Er entwickelte zusammen mit Leo de Maeyer eine Reihe neuer kinetischer Messtechniken, die eine Zeitauflösung bis zu einer Nanosekunde erlaubten. Sie waren besonders gut geeignet, um "ultraschnelle" Reaktionen im Wasser zu verfolgen.
Eigen erhielt 1967 zusammen mit Ronald G. W. Norrish und George Porter den Nobelpreis für Chemie. Ausgezeichnet wurden sie für ihre Studien über extrem schnell ablaufende chemische Reaktionen. Eigens wissenschaftliches Interesse galt aber schon seit Mitte der 60er Jahre weniger diesen schnellen Reaktionen, sondern vielmehr den unendlich langsamen, komplexen Vorgängen der Evolution. Eigen, der sich zunächst mit Fragen der Physik, Astrophysik, Chemie und Mathematik befasst hatte, wandte sich nun der Biologie zu. Evolution war für ihn dabei in erster Linie ein molekulares Phänomen. Daraus folgernd ließen sich evolutionäre Prozesse im Reagenzglas abbilden und experimentell zugänglich machen.
1970 entwickelte Eigen ein physikalisch-chemisches Modell der Entstehung und Evolution des Lebens. Es zeigt, dass das Darwinsche Prinzip von Auslese und Evolution schon auf Stufen unterhalb der Zelle stattfindet. Ausgangspunkt seiner Forschung ist das Prinzip der "Selbstorganisation der biologischen Makromoleküle", der kleinsten Einheiten des Lebens. Eigens Name ist außerdem mit der Theorie des Hyperzyklus verbunden, der rückkoppelnden Verknüpfung von Reaktionszyklen als Erklärung für die Selbstorganisation von präbiotischen Systemen, die er zusammen mit Peter Schuster beschrieb.
Mit dieser Methode hat Eigen einen neuen Zweig der Biotechnologie begründet, die "evolutive Biotechnologie". Erkenntnisse aus dieser Grundlagenforschung führten bereits 1993 zur Gründung der Hamburger Biotech-Firma Evotec.
Basierend auf seinen Forschungen und den daraus resultierenden Patenten, entwickelten Eigen und seine Mitarbeiter die sog. "Evolutionsmaschinen", mit denen heute industriell Medikamente (vor allem Enzyme) nach den Gesetzen der Natur produziert werden können.
Mehrere amerikanische und deutsche Hochschulen versuchten, ihn für sich zu gewinnen. Eigen hatte einen Lehrstuhl an der Cornell University. Gastvorlesungen brachten ihn nach Stanford und Harvard. Auch wurde ihm eine Forschungsstelle in der Schweiz angeboten.
Manfred Eigen beschäftigt sich intensiv mit einer philosophischen Reflexion seiner wissenschaftlichen Ideen. Er ist nicht nur einer der bekanntesten deutschen Naturwissenschaftler, sondern auch ein begeisterter Musikliebhaber und ein hervorragender Pianist.
